Durante la Guerra Civil española (1936-1939), el régimen de Franco promulga disposiciones para la disolución de la Junta para la Ampliación de Estudios y para la creación de organismos restitutorios : primero (enero de 1938) el Instituto de España en el que englobaría a la Reales Academias y se le atribuiria las funciones de la Junta y después (noviembre de 1939) el Consejo Superior de Investigaciones Científicas. cuya continuación sigue todavía.
En esta sección incluimos los textos legales de creación de ambas instituciones donde queda patente la aversión por el espíritu democrático,libre y autónomo de la actividad científica desarrollada por la Junta, para ser sustituido por un pensamiento escolástico y clerical regido jerárquicamente dentro del Movimiento Nacional. También se incluyen los nombres de quienes ocupan los cargos en el momento de la creación de estas instituciones.